Desde sus inicios, el IECAH ha desarrollado relaciones fuertes y duraderas con numerosas instituciones y organizaciones, tanto públicas como privadas, con las que ha establecido relaciones de cooperación en distintos niveles, que incluyen tanto apoyo logístico y organizativo como financiación, promoción de proyectos y difusión e iniciativas conjuntas, entre otros. Estas alianzas contribuyen a que la formación, investigación e incidencia en pro de la acción humanitaria y la construcción de la paz tengan un mayor impacto y han permitido al Instituto embarcarse en numerosos proyectos e iniciativas a lo largo de los años, gracias a la confianza depositada en el equipo por parte de estas entidades.